赤湾天后宫位于深圳南头半岛的最南端，北靠大南山，面向珠江口与大海交汇处，毗邻香港、澳门。明代前期，明王朝与东南亚各国关系甚为密切，使节往来频繁，其中不少经广州由珠江口的虎门出洋。而赤湾因其地理位置和周围形势的独特而成为过往航船驶出外洋的重要锚地，出海前的祭祀仪式自然也就多在此举行，祭祀妈祖最隆重的仪式就是“辞沙”。
赤湾是一个天然避风港，东莞、广州、番禺等珠江三角洲的渔民，祖祖辈辈以捕鱼为生，海上作业危险大，出海前天后宫是他们的必经之地。
赤湾不仅离广州近，还可以让当地官员补充一些“粮草”(随着海上丝绸之路的发展，当时广东已经成为重要的对外贸易、文化交流、外交往来的大通道的主角)，历史上的赤湾可谓“舟船成市，车骑如海”，所有人多要到这里来拜祭天后娘娘。朝廷官员就在旧庙的东南方(即今赤湾天后宫)建起一定规模的天后庙，特别是郑和下西洋时到这里举行“辞沙”祭典，祈求天后娘娘保佑平安返航，更加带动了赤湾天后庙的人气。
